نیلی ۲۸ خرداد ماه یادداشتی در روزنامه اعتماد منتشر کرد که در آن از راه حل‌های سیاسی در برابر راه حل‌های اقتصادی برای مشکلات انتقاد کرد.
محسن جلال پور تاجر و رییس پیشین اتاق بازرگانی امروز در توئیتی از استعفای مسعود نیلی دستیار ویژه رییس جمهور در امور اقتصادی خبر داد. مسعود نیلی به عنوان تئوریسن اقتصادی دولت مشهور شده بود جلال پور نوشت: "امروز به واسطه یکی از دوستان دولت باخبر شدم دکتر مسعود نیلی بیش از ١٠ ماه است که استعفا کرده و از ابتدای امسال در هیچ نشست دولتی شرکت نکرده‌‌است. درچند هفته گذشته بارها می‌خواستم نظرشان را درباره سیاست‌گذاری‌های ارزی بدانم.امروز بدون آن‌که با ایشان تماس بگیرم پاسخم را یافتم."
توئیت محسن جلال پور درباره استعفای نیلی بیشتر بخوانید: مسعود نیلی: دروازه‌بانی می‌کنم! این در حالی است که تاکنون هیچ خبر رسمی از استعفای مسعود نیلی در رسانه ها منتشر نشده است. در همین رابطه محمد طاهری سردبیر مجله تجارت فردا نیز در توئیتی خبر جلال پور را تائید کرد. طاهری نوشت: «خبر آقای جلالپور کاملا درست است. برداشت من این است که دکتر نیلی پس از برگزاری کنفرانس اقتصاد ایران که در آن راه‌حل‌های علمی برای گذار از ابرچالش‌های اقتصادی تدوین شده بود، عملا کاری در دولت نداشتند.»
مسعود نیلی استاد اقتصاد دانشگاه صنعتی شریف، از اقتصاددانان برجسته ای است که از سال 92 با دولت حسن روحانی همکاری می کند. او در دور دوم رساست جمهوری حسن روحانی به عنوان دستیار ویژه ای و عضو ستاد هماهنگی اقتصادی دولت کار خود را ادامه داد. در سال ها اخیر او را با القابی همچون "تئوریسین" اقتصادی و یا "فرمانده" اقتصادی دولت از او یاد می کردند. با این حال اطلاعات زیادی درزمینه نقش او در دولت در دست نیست.
او در سال گذشته از اَبَرها چالش های اقتصاد ایران سخن گفته بود. بیشتر بخوانید: روایت نیلی از ابرچالش‌های اقتصاد ایران نیلی ۲۸ خرداد ماه یادداشتی در روزنامه اعتماد منتشر کرد که در آن از راه حل‌های سیاسی در برابر راه حل‌های اقتصادی برای مشکلات انتقاد کرد. نیلی نوشت: «عرصه سیاستگذاری به‌شدت وابسته به کیفیت نیروی انسانی از نظر علمی و نیز منش کارشناسی است.
به‌طور طبیعی هر چه افراد از توان و کیفیت بالاتری برخوردار باشند، عرصه وسیع‌تر و متنوع‌تری را برای ارایه پیشنهاد طلب می‌کنند. وقتی از طرف سیاستمداران میدان بازی بسیار کوچکی برای آنان تعیین می‌شود و عرصه کار به جای اتکای به دانش و خلاقیت‌های علمی، به حوزه‌هایی کاملا مکانیکی تنزل پیدا می‌کند، خود‌به‌خود افراد توانمند، ضرورتی برای حضور خود در حوزه‌های سیاستگذاری نمی‌بینند و با از دست دادن انگیزه به تدریج یا به افرادی منفعل تبدیل می‌شوند یا این عرصه را ترک می‌کنند و لذا سیاستگذاری به فعالیتی بدون هویت تبدیل می‌شود.» پس از به هم ریختن بازار ارز در ابتدای سال برخی رسانه های اصولگرا مسعود نیلی را به عنوان یکی از عوامل ایجاد شرایط کنونی در اقتصاد کشور معرفی کردند. با این حال به نظر می رسد او با سیاست های ارزی دولت همراهی نداشته است.
