مادرش سیده فاطمه طباطبایی صبیه مکرمه آیتا... سلطانی طباطبایی(ره) از سادات طباطبایی بروجرد است که با 33 واسطه نسب به حضرت امام حسن مجتبی میرساند و در شجرهنامه ایشان نسبت خویشاوندی با علامه بحرالعلوم(قده) هم دیده میشود. مادر فاطمه هم که صدیقه نام داشت فرزند آیتا... العظمی سید صدرالدین صدر(ره) از مراجع ثلاث و نوه آیتا... العظمی حاج آقا حسین قمی(قده) از مراجع عظام وقت بود. پدر سیدحسن، سیداحمد خمینی (قده) فرزند روحا... خمینی(ره) و خانم خدیجه ثقفی(ره) دختر آیتا... میرزا محمد ثقفی از علمای بنام و اصیل تهران میباشد.
مرتضی اشراقی، پسرعمه سیدحسن خمینی هم میگوید: «باید از شخصیت فاضل و اندیشمند، آیتا... حاج سیدحسن خمینی تشکر و قدردانی کنم، زیرا ایشان واقعا به عنوان پرچمدار بیت امام برای پاسداری از تفکر و اندیشه امام از هیچ کاری دریغ نکردهاند تا جایی که حتی همگان شاهد بی مهری به ایشان هم بودیم، اما ایشان و بقیه اعضای بیت امام برای پاسداری از تفکر و اندیشه امام لحظهای تردید به خود راه نخواهند داد. البته پاسداری از تفکر و اندیشههای امام فقط مختص به بیت ایشان نیست بلکه وظیفه همه علاقهمندان به ایشان است؛ لذا امروز همه افرادی که دوستدار امام و علاقهمند به تفکر امام هستند موظفند از یادگار ارزشمند و گرانبهای امام که همان نظام مقدس جمهوری اسلامی است پاسداری کنند و جلوی هجمهها و تبلیغات سنگین دشمن برای ناکارآمد جلوه دادن نظام اسلامی در اداره امور کشور را با پایبندی به قانون اساسی بگیرند. بحمدا... بیت امام و بهخصوص جناب سیدحسن آقای خمینی با درایت و ذکاوتی که در ایشان سراغ دارم، بر این امر مهم پافشاری دارند و هرگز لحظهای از پاسداری از خط و آرمانهای والای آن عزیز سفر کرده دست بر نخواهند داشت.»
سیدحسن خمینی دارای شخصیتی است که هیچگاه وارد بگومگوها و چالشهای سیاسی مرسوم نشده است البته مخالفان دیدگاههای اعتدال بارها تلاش کردهاند تا این چهره علمی و شناخته شده را به وادی سیاست بازی بکشانند اما روحیه یادگار امام فرصت هرگونه سوءاستفاده را از آنها گرفت و افراطیون را گردن کج روانه محل استقرارشان کرده است به عنوان مثال در زمان انتخابات ریاستجمهوری یازدهم نام او را به عنوان کاندیدای ریاستجمهوری مطرح کردند تا از این طریق دریچه انتقادات بیحساب خود به او را بگشایند اما یادگار امام با زیرکی پاسخ آنها را داد و آنها بودند که در برابر عظمت یادگار امام سکوت کردند و لبهایشان بسته شد.
همگان بهخاطر دارند که در سال 89 افراطیونی که این روزها مجلس درحال رسیدگی به اقداماتشان است، چگونه سعی کردند با بیحرمتی به سیدحسن خمینی از میزان محبوبیت او بکاهند اما آنچه حاصل شد افزایش بیحد این محبوبیت بود. مادرش یعنی سیدفاطمه طباطبایی هم در آن ایام در نامهای به فرزندش نوشت: «تماشای قامت كشیده و سرافراز تو روزهایی را به یادم آورد كه با كمك پدر نازنین و جدت حضرت روحا... روی پای خود ایستادی و با كمك و تشویق آنها شیوه راه رفتنآموختی. هرگز خنده شیرین و نمكین و نیز نشاط آنان را از اینكه روی پایت ایستادی و با اتكا به زانوان خود گامهای لرزانت را ثبات و اقتدار بخشیدی، آنها را فراموش نمیكنم. آری عزیزم در یك سالگی با دستگیری «روح خدا» گامهایت را محكم كردی و در نوجوانی نیز مخاطب توصیههای آن پیر رهیافته بودی كه تو را به اتكا و اتكال به خدا دعوت میكرد و از تو میخواست خدا را در لحظه لحظه زندگیات حاضر و ناظر ببینی. بهراستی عزیزم، در پیشگاه خدا همه عزیزند، همه مخلوق اویند و حقتعالی نسبت به مخلوقات خود غیور است. پس همچنان شكیبا باش و حرمت همه مردم را از آنرو كه مخلوق معبودند، پاس بدار. مبادا حق را در امور به ظاهر كوچك، به بهانه اینكه بیبهایند، نادیده انگاری و خدا را در دوردستها و امور به ظاهر بزرگ جستوجو كنی. خدا در همین نزدیكی است و من شكوه و عظمت او را در آن روز بهخوبی حس كردم.»
از کودکی تا امروز سیدحسن خمینی
سیدحسن دوران کودکی را به تناوب در قم و نجف، در کنار پدربزرگ مادری، مرحوم حضرت آیتا... العظمی سلطانیطباطبایی(قده) و پدر بزرگ پدری، یعنی حضرت امام خمینی(ره) سپری میکند. روزهای اوج انقلاب را در نجف، تهران و شور و حال دوران اقامت حضرت امام در پاریس (نوفل لوشاتو) را درک میکند. سیدحسن خمینی دوران تحصیلات ابتدایی را در مدرسه حبیببن مظاهر جماران به پایان میبرد. دوره راهنمایی و پایههایی از دوره دبیرستان وی در مدرسه نیکان سپری میشود و در سال 1366، عازم جبهههای نبرد حق علیه باطل میشود و درنهایت امر در سال 1369 درحالی که سال چهارم را بهطور متفرقه گذرانده بود، دیپلم ریاضی خود را اخذ میکند. سفارشات مداوم حضرت امام و پدر بزرگوار سیدحسن آقا بالاخره نتیجهبخش شده و در سال 1368 تحصیلات حوزوی خود را شروع میکند و چهار سال بعد یعنی یکسال قبل از فوت مرحوم سیداحمد آقا رسما به لباس روحانیت ملبس میشود. وی ابتدا در مدرسه رضویه و مدرسه کرمانیها مقدمات را خوانده و از سال 1372 به تحصیل در سطوح عالی میپردازد و تمام این مدت را در منزل پدربزرگ خود یعنی مرحوم سلطانی طباطبایی(قده) و تحت نظر ایشان میگذراند.
سیدحسن خمینی در جایگاه مدرس حوزه علمیه