آيت الله صدر داراي اختلاف نظر با نوري مالكي نيز هست. با اين وجود در دور دوم حكومت نوري مالكي به وي در تامين امنيت كمك بسياري كرد. در همين راستا چند پست وزارت را نيز به دست آورد. گفتني است مقتدي صدر از سال 2007 تا 2011 در يك تبعيد خودخواسته در ايران به سر مي برد. اما در سال 2011 به عراق بازگشت و با درپيش گرفتن يك لحن آشتي جويانه خواستار وحدت و صلح در اين كشور شد.